南京医保卡（市民卡）发生丢失的，持卡人应当及时申请挂失。各经办网点应当在接到挂失信息后及时冻结该卡的使用。挂失分为电话挂失和书面挂失。书面挂失为正式挂失形式，在南京市区参加社会保险，当事人携带身份证、30元工本费前往社保机构（市、区、街道社保机构皆可）即可办理。需要电话挂失的，可拨打12333人工服务即可办理电话挂失功能。
领医保卡后，要及时设密码，相关部门提醒市民，领取医保卡后要及时设密码，如有初始密码也要及时修改。目前，大部分药房都可办理医保卡密码更改业务。如不慎遗失，应立即到医保经办机构挂失补办。