两者负责的医保直接单位不一样，省医保顾名思义就是针对省直单位职工的医疗保险，而市医保是负责市直单位的医疗保险。
就承接办理的机构方面来说，省医保需到省养老统筹机构或省人才代理中心进行相应的业务办理工作；而市医保是需在市养老统筹机构或市人才代理中心进行办理的。
还有就是报销标准，省医保的报销标准和缴纳金额都会要高于市医保，不过除了统筹的区别，缴纳系数都是个人和单位1:1对比缴纳。
有一点需要注意的是，不同城市的 基本医疗待遇是不一样，像是福州市，参保人员在年度内门诊特殊病种及治疗项目的医疗费用由统筹基金支付的起付标准为福州市上年度职工平均工资总额的12%，在年度内住院医疗费用由统筹基金支付的起付标准依住院次数的增加而递减，首次住院由统筹基金支付的起付标准为福州市上年度职工平均工资总额的10%。